본고는 우리나라의 금융안전망기구로서 예금보험공사의 지배구조에 대한 문제점 및 개선방안을 살펴보았다. 글로벌 금융위기 이후 금융시스템의 안정적 유지와 선제적인 금융감독시스템 구축에 관한 논의에 즈음하여 예금보험공사의 지배구조에 내재된 문제점을 살펴보고 개선방안을 모색하는 것은 금융안전망기구의 역할과 책임을 명확히 함으로써 궁극적으로는 금융안정에 기여할 수 있다. 예금보험공사는 여타 금융안전망기구와는 다른 지배구조를 갖추고 있다는 점, 공공기관 운영에 관한 법률과 개별설립법인 예금자보호법이 상충된다는 점 등의 문제를 안고 있는 것으로 파악된다. 이를 해소하기 위한 개선방안으로 첫째, 금융안전망기구로서 예금보험공사 운영의 독립성을 보장하기 위해 공공기관의 운영에 관한 법률에 의거한 예금보험공사의 공공기관 지정을 재고하되, 최고의사결정기구인 예금보험위원회 위원장의 선임방법을 대통령의 임면이 아닌 임명으로 바꿀 필요가 있다. 둘째, 예금보험공사가 공공기관의 운영에 관한 법률 적용을 받는 공공기관의 지위를 유지해야 한다면, 개별법인 예금자보호법을 개정하여 공공기관의 운영에 관한 법률만을 적용함으로써 이원화된 의사결정기구를 단일화할 필요가 있다.